Хотя капсульная эндоскопия безболезненна и неинвазивна, не требует анестезии и в основном устраняет боль, связанную с обычной гастроскопией, ее ограничения все еще слишком велики, чтобы заменить гастроскопию в диагностике и лечении рака желудка и других заболеваний желудочно-кишечного тракта.
По сравнению с гастроскопией, капсульная эндоскопия, применяемая в настоящее время, все еще имеет ряд недостатков.
Плохая маневренность. Хирургу трудно удобно манипулировать движением капсульного эндоскопа для визуализации конкретной области.
Наличие большого количества слизи или локализованного кровотечения в желудке не может быть удалено отсасывающим устройством, что приводит к плохому обзору при обследовании.
Хотя можно получить четкие изображения внутренней части пищеварительного тракта, точное местоположение определить невозможно, а время работы само по себе часто менее надежно.
Невозможность взять образцы тканей для патологоанатомического исследования является критическим недостатком для диагностики.
Стоимость обследования высока. В настоящее время импортные капсульные эндоскопы стоят от 8 000 до 10 000 долларов, а отечественные капсульные эндоскопы стоят немного меньше за одно исследование, но все равно около 5 000 долларов, что намного больше, чем несколько сотен долларов за обычную гастроскопию.