Пепсиноген является предшественником для синтеза пепсина, который обычно образуется после действия желудочной кислоты или другого уже сформированного и активного пепсина в просвете желудка, а затем образуется новый активный пепсин. Пепсиноген делится на пепсиноген I и пепсиноген II, из которых пепсиноген II в большей степени связан с поражением слизистой оболочки дна желудка. Пепсиноген I, с другой стороны, больше связан с поражениями слизистой желудочного синуса. Аномальные значения и изменения в соотношении этих двух показателей указывают на поражения желудка, но не обязательно на рак желудка, поскольку многие доброкачественные поражения также могут иметь аномальное соотношение. Повышенный пепсиноген I связан с патологической атрофией фундальных желез, кишечной эпителиальной метаплазией или метаплазией пилорических желез, или даже атипичной гиперплазией. Прогрессирующее снижение соотношения пепсина I и пепсина II связано с прогрессированием атрофии слизистой оболочки желудка и поэтому требует проведения гастроскопии и теста на H. pylori.