Патологическая форма краниофарингиомы представляет собой шаровидное, неправильной формы или узловатое экспансивное образование с четкими границами и явными различиями в объеме и размерах, преимущественно кистозное мультилокулярное или частично кистозное, а некоторые из них — значительные, содержащие лишь несколько небольших кистозных полостей. Киста в основном располагается в седле, кистозная часть часто находится в паренхиме верхней части, поверхность стенки кисты гладкая, толщина различная, тонкая, например полупрозрачная, имеется ряд серовато-белых или желтовато-коричневых кальцифицированных точек или кальцифицированных пятен, может быть оссифицированная скорлупа, содержимое капсулы за счет деградации и разжижения обломков эпителиальных клеток (кератиноподобного материала), капсульная жидкость маслянистая или золотистая, содержит кристаллы холестерина, обычно 10-30 мл, чаще до 100 мл. Кистозная жидкость маслянистая или золотисто-желтая, содержит внутренние кристаллы холестерина, обычно 10-30 мл, более — до 100 мл. Паренхима краниофарингиомы часто располагается в задней и нижней части черепа, имеет узловатый вид, содержит кальцифицированные очаги, иногда плотные и твердые, часто плотно прилегает к важным внутричерепным сосудам, стеблям гипофиза, зрительным путям, передней части третьего желудочка и т.д. и сдавливает указанные структуры. Опухоль также может вызывать глиальные реактивные полосы в ткани мозга, образуя псевдооболочку, которая иногда может выступать в субталамус в виде сосочка, что приводит к травме субталамуса при хирургическом вытяжении опухоли. Паренхиматозные опухоли обычно располагаются в седле или третьем желудочке и имеют меньшие размеры, чем кистозные. По гистологии краниофарингиомы делятся на два типа: эмалево-эпителиальные и сквамозно-эпителиальные. Первые имеют трехслойное строение: наружный слой цилиндрического кубовидного эпидермиса, промежуточный слой сложнополигональных сквамозных эпидермоидных клеток и внутренний слой астроцитов. Последний состоит из хорошо дифференцированных клеток сквамозного эпителия и в большинстве случаев представляет собой солидную опухоль. В педиатрической популяции она почти исключительно относится к эмалево-эпителиальному типу, в то время как во взрослой популяции на каждый тип приходится по половине случаев.