Клинические проявления болезни Крона разнообразны и недостаточно специфичны. Несмотря на наличие множества тестов, частота ранней диагностики низка, и, по некоторым данным, только 28,2% людей получают окончательный диагноз до операции, а частота предоперационных ошибок составляет 69,4%. Основные заболевания, которые необходимо дифференцировать, включают аппендицит, мезентериальный лимфаденит, абдоминальный туберкулез, злокачественную опухоль кишечника, радиационный энтерит, лейкоареоз, язвенный колит, негранулематозный язвенный тощей илеит, ишемическую энтеропатию, амебный энтерит и воспалительные заболевания органов малого таза. Особое внимание следует уделить дифференциальной диагностике между туберкулезом кишечника, лимфомой кишечника и болезнью Крона. Поскольку первые два заболевания также легко ошибочно диагностируются клинически, а их лечение противоположно лечению болезни Крона, неправильная диагностика и ошибочный диагноз могут не только затянуть лечение, но и усугубить болезнь и привести к серьезным необратимым последствиям. Кроме того, у пациентов с болезнью Крона может быть сочетание туберкулеза кишечника из-за хронического недоедания или применения иммуносупрессивных препаратов, или злокачественной лимфомы из-за хронического воспаления и побочных эффектов лекарств. Поэтому туберкулезу кишечника и кишечной лимфоме должно уделяться должное внимание при диагностике и лечении болезни Крона. Каждый пациент с болезнью Крона должен пройти плановое обследование на туберкулез до постановки окончательного диагноза. В дополнение к суждению врача о наличии заболевания следует провести рентгенографию грудной клетки и ряд лабораторных исследований, включая туберкулиновые пробы, полимеразную цепную реакцию на микобактерии туберкулеза (ТБ-ПЦР) и тест на выявление Т-клеточного пятна при туберкулезной инфекции (тест T-SPOT). Дифференциация кишечной лимфомы от болезни Крона в значительной степени зависит от патологического исследования, включая эндоскопическую пробу или патологическое исследование хирургически иссеченных образцов, а иммуногистохимическое окрашивание может обеспечить четкое стадирование и информировать о разработке схем химиотерапии. Окончательный диагноз болезни Крона не может быть поставлен без патологии, которая обычно характеризуется хроническим очаговым и пестрым воспалением, нерегулярными очагами крипт и образованием неказеифицированной гранулемы. Однако из-за ограничений в объеме и масштабе эндоскопических образцов во многих случаях типичные патологические образцы недоступны, и поэтому о патологических результатах можно говорить только как о хроническом воспалении.