Лечение рабдомиосаркомы требует комбинации методов лечения, включая хирургию, радиотерапию и химиотерапию. Хирургия обычно является первым выбором и обычно проводится путем обширного местного иссечения, удаляя опухоль и некоторые окружающие ее ткани, включая лимфатические узлы. Чем меньше опухоли остается после операции, тем лучше прогноз и тем меньше вероятность рецидива, который обычно возникает в течение 3 лет после лечения. В клиническом исследовании, проведенном Американской группой по изучению рабдомиосаркомы, 5-летняя выживаемость пациентов, прооперированных с полным удалением опухоли, превысила 90%. 5-летняя выживаемость для пациентов с полным удалением опухоли, видимой невооруженным глазом во время операции, но с микроскопическими остатками, составляет приблизительно 80%. У пациентов с остаточной опухолью, видимой невооруженным глазом после операции, но без метастазов, 5-летняя выживаемость составляет около 70%. При рабдомиосаркоме в определенных анатомических областях, например, рабдомиосаркоме головы и шеи, когда полная хирургическая резекция менее вероятна или когда операция приводит к серьезному нарушению функции органа, обычно проводится радиотерапия для уменьшения объема опухоли перед вторичной операцией. Однако риск остаточных вторичных операций все еще высок, поэтому существует риск рецидива после операции по поводу злокачественной рабдомиосаркомы, а не то, что она не будет рецидивировать после операции.