Основными побочными эффектами являются дискомфорт пищеварения, вздутие живота, боль в животе и другие симптомы несварения желудка, а в тяжелых случаях — диарея. Нерастворимые пищевые волокна в семенах чиа могут поглощать воду и разбухать, что при умеренном употреблении может усилить чувство сытости и продлить голод. Поскольку альфа-линоленовая кислота в семенах чиа оказывает ингибирующее действие на агрегацию тромбоцитов и может разжижать кровь, пациентам, использующим антикоагулянты, такие как гепарин, не следует употреблять семена чиа во избежание ряда побочных реакций. Семена чиа однородны по питательным свойствам и должны сочетаться с овощами, фруктами, рыбой и яйцами для удовлетворения потребностей организма в питательных веществах. Хотя семена чиа признаны Европейским управлением по безопасности пищевых продуктов неаллергенным продуктом, у некоторых людей с особыми состояниями здоровья могут наблюдаться аллергические реакции, такие как зуд кожи, чихание и насморк, поэтому их следует употреблять с осторожностью.