Клиническая картина и патологические изменения при болезни Крона очень похожи на таковые при туберкулезе кишечника, что часто приводит к ошибочному диагнозу, даже при проведении биопсии, и должно быть обращено внимание клиницистов. Основные различия между двумя заболеваниями: (1) пациенты с туберкулезом кишечника часто осложняются туберкулезом легких; (2) неполная кишечная непроходимость, кишечные свищи и абсцессы органов чаще встречаются при болезни Крона, чем при туберкулезе кишечника; (3) болезнь Крона имеет длительное течение, а противотуберкулезное лечение неэффективно; (4) как при туберкулезе кишечника, так и при болезни Крона наиболее часто встречается илеоцекальная область, но укорочение илеоцекальной области чаще встречается при туберкулезе кишечника на рентгенограмме и реже при болезни Крона. Эндоскопическое исследование при туберкулезе кишечника показывает преимущественно круглые язвы, тогда как при болезни Крона — преимущественно продольные язвы; ⑤ биопсия тканей при туберкулезе кишечника показывает казеозно-некротические гранулемы или туберкулезные палочки, тогда как при болезни Крона — гранулематозные изменения без казеозного некроза и туберкулезных палочек.