После постановки диагноза неонатальный гипотиреоз требует немедленного лечения, и чем в более раннем возрасте начато лечение, тем лучше прогноз. В зависимости от причины заболевания, некоторым детям может потребоваться пожизненный прием лекарств. Неонатальный гипотиреоз, также известный как кретинизм, может привести к таким симптомам, как пупочная грыжа, низкий рост, умственная отсталость, задержка роста и плохая физиологическая функция, а также может вызвать необратимые повреждения неврологической функции. Поэтому после постановки диагноза неонатальный гипотиреоз требует немедленной заместительной терапии тиреоидными гормонами. Регулярные анализы функции щитовидной железы необходимы для корректировки дозы лекарств, а также для наблюдения за их умственным и физическим развитием. После раннего лечения заместительной гормональной терапией новорожденные с гипотиреозом обычно могут нормально расти без каких-либо значительных последствий, но важно принимать лекарства по назначению врача и регулярно проходить обследования.