Как только развивается гипертрофическая кардиомиопатия, необходимо раннее применение препаратов, улучшающих обструкцию путей оттока, таких как метопролол в составе бета-блокаторов и верапамил в составе блокаторов кальция, а также препаратов-кандидатов, таких как пробенецид. Гипертрофическая кардиомиопатия может вызвать проблему сердечной недостаточности и требует регулярного применения препаратов, подавляющих ремоделирование миокарда, таких как эналаприл в составе ингибиторов ангиотензин-превращающего фермента и спиронолактон в составе антагонистов рецепторов альдостерона. Если также присутствует мерцательная аритмия, необходимо регулярное применение амиодарона для уменьшения эпизодов мерцательной аритмии, а для контроля частоты сердечных сокращений при постоянной мерцательной аритмии можно рассмотреть возможность применения метопролола. Если возникает тяжелая обструкция путей оттока и медикаментозное лечение неэффективно, рекомендуется раннее хирургическое лечение.