Расшифровка генома человека недостаточна для всестороннего понимания биологических функций человеческого организма, но необходимо учитывать влияние микроорганизмов, которые скапливаются на поверхности человека и в его теле и живут в долгосрочном симбиозе с человеком. Роль микробов кишечника в развитии заболеваний человека привлекает все больше внимания, и до сих пор неясно, являются ли изменения в микроэкологии кишечника инициирующим фактором заболевания или они происходят после его начала. Язвенный колит (ЯК) — это хроническое, неспецифическое воспалительное заболевание слизистой оболочки прямой и толстой кишки неизвестной этиологии. Заболевание обычно рецидивирует и персистирует, и до сих пор не существует специфического клинического лечения. Недавние исследования показали, что в патогенезе IBD участвует сочетание кишечных микроорганизмов и их метаболитов, генетической восприимчивости хозяина и дисбаланса в естественном или приобретенном иммунном ответе слизистой оболочки кишечника хозяина. Ряд исследований продемонстрировал различия в видах и численности микроорганизмов в кишечнике между пациентами с ЯК и здоровыми людьми, причем у пациентов с ЯК наблюдается значительное снижение микробного разнообразия в кишечнике по сравнению со здоровыми людьми. Состав и численность микроорганизмов кишечника в человеческой популяции были изменены, и наиболее последовательными являются следующие выводы: 1. уровень доминирующей флоры в кишечнике был значительно снижен; 2. общее разнообразие и стабильность микроорганизмов кишечника были в целом снижены; 3. уровень пробиотических видов, таких как Lactobacillus и Bifidobacterium, был снижен; 4. микроорганизмы, связанные со слизистой оболочкой, оказывают более прямое воздействие на человека, в то время как микроорганизмы фекального образца определяют продукты метаболизма микроорганизмов кишечника; и 5. продуктов, без существенных различий в микробном составе и численности между ними.