Исследования показали, что последующие дети неконтролируемых гипотиреоидных матерей имеют более низкий интеллект и около 80% таких детей имеют IQ ниже 85 (только 5% детей негипотиреоидных матерей имеют IQ ниже 85), что пропорционально степени гипотиреоза. Хотя гипотиреоз на ранних сроках беременности оказывает незначительное влияние на плод, если гипотиреоз плохо контролируется к 12-й неделе беременности, это существенно влияет на развитие мозга плода. Мозг плода продолжает развиваться на протяжении всей беременности, при этом объем мозга быстро увеличивается после дифференциации органов между 3-й и 8-й неделями беременности, и к 5-му месяцу беременности мозг плода полностью развит. Уровень тироксина в организме матери имеет решающее значение для развития мозга плода в этот период. Дозировка перорального тироксина у беременных женщин с гипотиреозом часто нуждается в увеличении, а точная дозировка регулируется на основании измерений TSH, которые проводятся каждые 2 месяца на протяжении всей беременности.