Если кетогенная диета неэффективна для контроля приступов и улучшения когнитивных функций, то кетогенную диету следует постепенно снижать с соотношения 4:1 до 3:1 и 2:1 жиры/(белки + углеводы) во всех потребляемых продуктах до исчезновения кетоза. Если кетогенная диета эффективна, ее можно соблюдать в течение 2-3 лет. Лечение должно быть длительным у пациентов с дефицитом переносчика глюкозы, дефицитом пируватдегидрогеназы и туберозным склерозом. У пациентов с полным контролем судорог 80% остаются без судорог после прекращения кетогенной диеты.
Лечение также следует прекратить, если оно эффективно, но возникают следующие условия: немедленное прекращение при наличии желудочно-кишечных расстройств, особенно при остром панкреатите; быстрая корректировка формулы кетогенной диеты с 4:1-3:1-2:1 при наличии гипертриглицеридемии со значениями >11,3 ммоль/л. Если значение остается высоким, кетогенную диету следует прекратить; при наличии гипопротеинемии следует скорректировать белковое питание, т.е. увеличить потребление белка и еще больше снизить потребление углеводов, при этом соотношение остается неизменным; при наличии стойкого метаболического ацидоза, а также кардиомиопатии и снижении сократительной функции миокарда кетогенную диету следует прекратить.