Вторичный мегаколон у детей часто вызывается неадекватным лечением аноректальных мальформаций или запорами после хирургического вмешательства по поводу аноректальных мальформаций. Он также может быть вторичным по отношению к запору, вызванному травмой промежности, сдавлением опухолью промежности и т.д. После устранения основного фактора можно добиться улучшения состояния при запорах. После устранения первичных факторов затрудненная дефекация может быть улучшена, а при консервативном лечении часть мегаколона может быть постепенно облегчена. У детей с вторичным мегаколоном обычно имеется четкий анамнез ректально-анальной мальформации и операции на промежности. Большинство из них имеют различную степень анального стеноза и рубцов промежности. Эти признаки легко отличить от врожденного и идиопатического мегаколона. Ректо-анальные мальформации вызывают дилатацию дистального отдела прямой кишки. Этого расширенного сегмента кишечника с плохой перистальтической функцией достаточно, чтобы вызвать запор.