На поверхности тела и в организме человека существуют десятки миллиардов микроорганизмов, которые вместе с человеком образуют «суперорганизм». Эти микробы — не просто сторонние наблюдатели, они эволюционировали вместе с нами, чтобы участвовать в нормальной жизнедеятельности организма и поддерживать баланс внутренней среды. Дисбаланс в пищеварительной микробиоте связан с предрасположенностью ко многим заболеваниям, включая ожирение, злокачественные опухоли, болезни печени и расстройства пищеварительного тракта. Хорошо известно, что существует прямая или косвенная связь между микробиотой и иммунным ответом хозяина, и механизм их взаимодействия является одной из актуальных тем исследований сегодня. Появляется все больше доказательств того, что изменения в микробиоте связаны с некоторыми аутоиммунными заболеваниями, такими как диабет I типа, целиакия и ревматоидный артрит. При ревматоидном артрите наблюдаются изменения в составе и разнообразии флоры, как в животных моделях заболевания, так и у пациентов. Искусственное вмешательство в состав флоры в животных моделях заболеваний может изменить тяжесть заболевания. Среди больных ревматоидным артритом впервые возникло мнение, что пародонтит связан с этим заболеванием, а удаление зубов даже было популярно в начале 20 века в качестве метода лечения ревматоидного артрита. Современные исследования выявили более высокую частоту пародонтита у людей с ревматоидным артритом, даже в популяциях с одинаковым гигиеническим статусом. Помимо прочего, инфекция Porphyromonas gingivalis вызывает выработку антициклических цитруллиновых аутоантител при ревматоидном артрите и поэтому может быть причиной ревматоидного артрита. Кроме того, было установлено, что респираторные и кишечные бактерии имеют патологические механизмы, связанные с ревматоидным артритом. Однако вопрос о том, вызывает ли дисбиоз микробиоты ревматоидный артрит или ревматоидный артрит вызывает дисбиоз микробиоты, остается нерешенным. Изучение роли микробов при ревматоидном артрите может дать новые представления о развитии заболевания, его прогрессировании и разработке новых методов лечения.