Основным иммунологическим механизмом в патогенезе SLE является иммунная дисфункция. В настоящее время большинство ученых считают, что некоторые чужеродные и эндогенные антигены действуют на пациентов с нарушенной иммунной функцией, вызывая высокую активность и пролиферацию В-лимфоцитов, вырабатывающих большое количество аутоантител и связывающихся с соответствующими антигенами в виде иммунных комплексов, откладывающихся в гломерулах, тем самым повреждая почку и вызывая волчаночный нефрит. Дефекты некоторых компонентов комплемента и снижение клиренса иммунных комплексов из-за уменьшения плотности определенных рецепторов на эритроцитах и фагоцитах могут усугубить отложение иммунных комплексов в тканях, тем самым увеличивая повреждение тканей. Высокая частота волчаночного нефрита связана с обильным кровотоком в почке и особой структурой самой почечной ткани, которая предрасполагает к отложению антигенов, антител и иммунных комплексов.