В большинстве случаев вирусные энцефалиты не рецидивируют, снижение иммунитета организма может вызвать рецидив вирусного энцефалита, но эти сообщения встречаются реже, при этом преобладает энцефалит, вызванный вирусом простого герпеса.
После выздоровления от вирусного энцефалита можно усилить физические упражнения для укрепления организма и повышения сопротивляемости, что также помогает предотвратить рецидив вирусного энцефалита.