Большинство пациентов с вирусным энцефалитом, как правило, могут быть вылечены без последствий после раннего и агрессивного клинического вмешательства.
У некоторых пациентов заболевание протекает тяжело и может быстро прогрессировать, приводя к стойкой эпилепсии и внутричерепной гипертензии, вызывая дыхательную и циркуляторную недостаточность и угрожая жизни пациента. У некоторых пациентов из-за инвазии вируса происходит необратимое повреждение паренхимы головного мозга, что вызывает ряд неврологических симптомов, таких как стойкий эпилептический статус и двигательные нарушения конечностей. Поэтому раннее и своевременное противовирусное лечение и симптоматическая поддерживающая терапия чрезвычайно важны.