В большинстве случаев выздоровление после вирусного энцефалита не влияет на IQ.
Прогноз зависит от тяжести заболевания и своевременности лечения. Прогноз заболевания плохой без противовирусной терапии, при несвоевременном или неадекватном лечении, а также при тяжелом течении заболевания.
Однако большинство пациентов, получающих адекватное лечение противовирусными препаратами в течение нескольких дней после начала заболевания или имеющих более легкую форму заболевания, могут быть излечены. Однако около 10% пациентов могут остаться с различной степенью когнитивных нарушений, эпилепсией, параличом и другими последствиями.