В последние годы, благодаря постепенному улучшению диагностики и лечения, прогноз при СКВ значительно улучшился, выживаемость пациентов повысилась с четырехлетней выживаемости 50% в 1950-х годах до 15-летней выживаемости 80% в настоящее время, а 10-летняя выживаемость превышает 90%.
Хотя у многих пациентов удается добиться долгосрочного выживания, СКВ может в разной степени влиять на продолжительность жизни пациентов, поскольку СКВ может вызывать серьезные повреждения множества органов, особенно нервной системы, почек, вызывать легочную гипертензию и атеросклероз.