Нижний конец пищевода покрыт аномальным столбчатым эпителием и называется пищеводом Барретта. Обычно считается приобретенным и тесно связан с рефлюкс-эзофагитом, с возможностью развития аденокарциномы, и впервые был описан Норманом Барреттом в 1950 году. Клинически было установлено, что повреждение слизистой оболочки нижнего отдела пищевода с миграцией столбчатого эпителия происходит при попадании кислой желудочной жидкости при гастро-эзофагеальном рефлюксе и щелочном рефлюксе кишечной жидкости после тотальной гастрэктомии. Развитию пищевода Барретта также способствует снижение сократительной способности нижнего пищеводного сфинктера и уменьшение пищеводного клиренса после развития рефлюкс-эзофагита. Рефлюкс, включающий одну или несколько из желудочной кислоты, пепсина, панкреатических ферментов и желчных кислот, способствует метаплазии сквамозного эпителия у пациентов с ГЭРБ. За разрушением сквамозного эпителия следует реэпителизация столбчатого эпителия желудка в кардии по направлению к цефалическому концу поврежденного участка пищевода. В других редких случаях пищевод Барретта может возникнуть в результате коррозийного ожога пищевода или повреждения слизистой оболочки пищевода во время длительной противораковой химиотерапии. Причинно-следственная связь между дисфункцией моторики пищевода и столбчатым эпителием пищевода до конца не изучена. В ходе длительного наблюдения была выявлена возможность развития карциномы столбчатого эпителия пищевода.