В большинстве случаев выздоровление после вирусного энцефалита не влияет на IQ.
Прогноз зависит от тяжести заболевания и своевременности лечения. Прогноз неблагоприятный, если заболевание не лечится противовирусными препаратами, если лечение несвоевременное или неадекватное, а также если заболевание протекает в тяжелой форме.
Однако большинство пациентов, получающих адекватное лечение противовирусными препаратами в течение нескольких дней после начала заболевания или имеющих более легкую форму заболевания, могут быть излечены. Однако примерно у 10% пациентов могут наблюдаться различные степени когнитивных нарушений, эпилепсия, паралич и другие последствия.