Антинуклеарные антитела (ANA) являются наиболее распространенными аутоантителами при SLE, с положительным результатом до 95-100%, но они не очень специфичны и могут быть использованы в качестве скрининговых аутоантител при SLE. Небольшая часть пациентов, отвечающих диагностическим критериям SLE, клинически постоянно отрицательно реагируют на ANA; эта группа составляет около 2% всех пациентов с SLE и известна как подтип SLE. Это может быть связано с отсутствием выработки ANA; аутоантитела связаны с пораженными тканями (например, кожей или почечной тканью) или скрыты в циркулирующих иммунных комплексах; или с применением адренокортикотропных гормонов и иммуносупрессивных препаратов; или с гипопротеинемией пациента вследствие повышенного истощения почечной базальной мембраны, когда болезнь достигает конечной стадии нефропатии и большое количество белка выводится с мочой. Неспецифические повреждения, такие как лихорадка, потеря веса, артралгия, миалгия, феномен Рейно, язвы в полости рта, выпадение волос и другие системные повреждения, существенно не отличались у ANA-негативных больных СКВ по сравнению с ANA-положительными больными СКВ; частота птероэритемы и фоточувствительности была немного выше, но существенно не отличалась; частота эритемы на руках и ногах была значительно выше, чем у ANA-положительных больных СКВ, и повреждения кожи были существенной особенностью ANA-негативной СКВ. Распространенность анти-Ro/SSA антител в сыворотке крови ANA-отрицательных пациентов с SLE выше, и многие исследования показали, что анти-Ro/SSA антитела тесно связаны с фоточувствительностью, предполагая, что анти-SSA антитела и анти-SB антитела важны для диагностики SLE и SCLE, когда ANA-отрицательные пациенты выявляются с помощью непрямой иммунофлюоресценции. Более низкая частота положительных анти-dsDNA и анти-Sm антител в сыворотках пациентов с ANA-негативным SLE может быть связана с меньшей частотой почечных и гематологических повреждений у пациентов с ANA-негативным SLE и тем фактом, что большинство из них находятся в фазе покоя. В целом у ANA-отрицательных пациентов с SLE меньше системных повреждений и лучше прогноз. У пациентов с клиническим подозрением на СКВ и отрицательным тестом на ANA следует обратить внимание на выявление других аутоантител, специфичных к антигенам-мишеням в спектре ANA, таких как анти-SSA/Ro антитела, анти-SB/La антитела, анти-рибосомальные P белки (rRNP) антитела, анти-нуклеосомные антитела, анти-dsDNA антитела и т.д. Следует также обратить внимание на выявление других аутоантител, связанных с СКВ, таких как волчаночный антикоагулянт, анти-кардиолипиновые антитела, анти-β-антитела. 2GPI антитела, анти-C1q антитела и т.д.