Течение и прогноз эпилепсии зависят от ряда факторов, в основном тесно связанных с ее причиной, типом приступов и эпилептическим синдромом. Некоторые эпилепсии являются доброкачественными и имеют хороший прогноз до определенного возраста, другие представляют собой эпилептические энцефалопатии с плохим прогнозом, требующие пожизненного медикаментозного лечения. В случае доброкачественной детской эпилепсии начало заболевания приходится на возраст 5-11 лет, и в подавляющем большинстве случаев приступы прекращаются к 15 годам. К распространенным типам относятся детская доброкачественная эпилепсия с центральными височными шипами, при которой приступы прекращаются к 12 годам у 92% детей и к 17 годам у 99%, детская идиопатическая доброкачественная эпилепсия затылочной доли, при которой приступы прекращаются к 19 годам в 92% случаев, и детская доброкачественная аффективная эпилепсия, при которой приступы прекращаются к 15 годам.