Орофарингеальные мазки берутся в основном из глотки, то есть с задней стенки глотки и миндалин с обеих сторон. Перед взятием ротоглоточных мазков следует обратить внимание на гигиену полости рта, рекомендуется предварительно прополоскать рот, затем попытаться открыть рот, чтобы обнажить глотку и гортань, и использовать глоточный тампон для протирания вперед-назад в глоточной и нёбной дугах, чтобы увеличить площадь контакта и избежать контакта с полостью рта и языком в процессе сбора. Перед взятием материала следует уделить внимание усилению индивидуальной защиты, надев маску и соблюдая дистанцию более одного метра, а также избегать полноценного приема пищи перед взятием материала, чтобы фарингеальный тампон не стимулировал заднюю стенку глотки и не вызвал тошноту и рвоту. Забор мазков из ротоглотки должен проводить профессиональный врач, чтобы избежать неправильных личных действий, которые могут повлиять на здоровье.