После периода стабильности, достигнутого после ортодонтического лечения, заметных недостатков не наблюдается, возможно некоторое укорочение корней зубов до и после общего ортодонтического лечения, но величина его настолько мала, что в принципе незначительна. Основным недостатком ортодонтии является то, что в процессе ортодонтического лечения могут возникать гингивиты, проблемы с пародонтом, а также расшатывание зубов и даже их потеря. Поскольку стимуляция ортодонтического процесса и воздействие движения зубов в процессе ортодонтического лечения могут вызвать проблемы с пародонтом, приводящие к рецессии десны и резорбции альвеолярной кости, в процессе ортодонтического лечения необходимо поддерживать хорошую гигиену пародонта. Систематическая чистка зубов перед ортодонтическим лечением и ежедневная чистка зубов профессиональной зубной щеткой во время ортодонтического лечения могут относительно минимизировать проблемы с пародонтом в процессе ортодонтического лечения.