Фекалии при амебной дизентерии имеют темно-красный цвет, похожий на джем, с рыбным запахом, и в них больше крови и слизи. Для окончательного диагноза амебной дизентерии необходимо обнаружить трофозоиты и цисты в фекалиях, которые должны быть свежими и могут быть исследованы в больнице после срочного задержания. Трофозоиты выводятся из организма в течение получаса и теряют свою подвижность и морфологические изменения, поэтому их можно не обнаружить, если прошло слишком много времени. Мазок фекалий с физраствором выявит трофозоиты, которые продлевают активность псевдоподий, и амебу, поглощающую эритроциты, что позволит поставить окончательный диагноз. Прямые мазки сформированных фекалий также могут быть использованы для обнаружения инкапсуляции, что может быть более мощным средством диагностики амебной болезни.