В статье, опубликованной 26 марта в журнале Cell, профессор Юнчжэнь Чжан из Клинического центра общественного здравоохранения Фуданьского университета и его соавтор профессор Эдвард Холмс из Сиднейского университета рассказали о том, что говорят нам генетические данные вируса и о пробелах в знаниях о происхождении этой вспышки. Авторы предполагают, что до крупномасштабной вспышки новой вспышки коронавирусной инфекции мог пройти период «латентной» передачи в популяции, когда ранние бессимптомные, слабосимптомные инфекции или спорадические случаи пневмонии оставались незамеченными, пока вирус не приобрел мутации на ключевых участках для лучшей адаптации к человеческому организму. В статье также высказывается предположение, что новый коронавирус может быть рекомбинантным вирусом, высокая скорость репликации которого делает скорость мутаций незначительной, но все же к нему следует относиться серьезно. Авторам статьи потребовалось 20 лет для того, чтобы вирус перешел от летучих мышей к человеку. Авторы статьи проанализировали предыдущие исследования нового коронавируса, отметив, что наиболее близким к новому коронавирусу по генетической последовательности является коронавирус, обнаруженный у летучих мышей в Юньнани, более чем в 1 500 км от Уханя. «Из этого можно сделать простой вывод, что наша выборка вирусов летучих мышей сильно смещена в сторону определенных географических мест. Это необходимо исправить в будущих исследованиях». заявили авторы исследования. В частности, авторы подчеркивают, что хотя упомянутый выше коронавирус летучих мышей из Юньнани имеет 96-97-процентное сходство с новым коронавирусом, это может представлять собой более чем 20-летнюю эволюционную последовательность. В статье говорится: «Нельзя исключить, что вирус приобрел несколько ключевых мутаций в ходе «криптической» передачи в популяции до того, как он был впервые обнаружен в декабре 2019 года». Для того чтобы вирус сильно адаптировался к человеку, он должен был приобрести мутации в ключевых участках RBD (рецептор-связывающий регион), а также инсерционные мутации в участке протеолитического расщепления Furin, который является уникальным для нового коронавируса. Авторы предполагают, что вирус мог быть хорошо адаптирован к человеку-хозяину в результате периода передачи в популяции, предшествовавшего быстрой вспышке за короткий промежуток времени. Авторы предполагают, что в начальный период «латентной» передачи, когда вирус впервые попал к человеку, он мог остаться незамеченным из-за бессимптомных инфекций (легкие респираторные симптомы, но без пневмонии) или небольших локальных вспышек инфекции, о которых не сообщалось в стандартную систему. Вместо этого в процессе передачи вируса от человека к человеку он постепенно эволюционировал, приобретая ключевые мутации, такие как описанный выше участок расщепления протеазы, и таким образом полностью адаптировался к человеку. Для проверки достоверности этих гипотез, по мнению исследователей, ретроспективный анализ образцов, полученных от пациентов с респираторными симптомами до декабря 2019 г., может помочь разгадать загадку того, как вирус распространяется «незаметно», но при этом они указывают на сложность этой задачи. Ретроспективные серологические или макрогеномные исследования респираторных инфекций помогли бы определить, так ли это, хотя такие ранние случаи могут быть никогда не выявлены», — отмечают авторы. Еще один вопрос, вызывающий серьезную озабоченность, отмеченный в статье, — является ли новый коронавирус рекомбинантным вирусом. Рекомбинационные события в вирусах могут ускорять масштабные вспышки, поэтому их нельзя недооценивать. Однако определить точную картину и геномное происхождение рекомбинаций довольно сложно. «Не в последнюю очередь это связано с тем, что многие рекомбинационные области, скорее всего, невелики, и по мере того, как мы исследуем все больше вирусов, ассоциированных с Новой Короной, в них могут происходить небольшие мутации». заявляют авторы. Для решения этих проблем авторы пришли к выводу, что необходимо вновь провести более широкое исследование вирусного разнообразия в популяциях животных, но это опять-таки будет непросто. «К сожалению, очевидное отсутствие прямых проб животных на южнокитайском рынке морепродуктов может означать, что точно определить животных-хозяев в этом месте сложно, если вообще возможно». говорят авторы. Авторы также призывают максимально ограничить контакт с патогенами животных, что может быть самым простым и экономически эффективным способом снижения риска будущих вспышек, учитывая огромное разнообразие вирусов в дикой природе и их постоянную эволюцию. Низкая частота мутаций вирусов может быть иллюзией По мере распространения COVID-19 секвенируется все больше вирусных геномов. Авторы предполагают, что хотя в настоящее время скорость мутации новых коронок кажется низкой, это может быть замаскировано высокой скоростью репликации вируса в организме хозяина. Играет ли способность вируса к мутации какую-либо роль в трансмиссивности и вирулентности вируса, остается неясным, поэтому в современных условиях повсеместной передачи вируса необходимо продолжать уделять внимание вирусным мутациям, вызывающим фенотипические изменения. Авторы отмечают, что самые ранние образцы вирусов из Уханя содержат меньшее генетическое разнообразие и что все эти образцы имеют одного общего недавнего предка, что может затруднить детальные филогенетические и филогеографические выводы об эволюции вирусов. Тем не менее, авторы считают, что департамент здравоохранения г. Ухань проделал отличную работу по выявлению первых случаев пневмонии. Исследователи утверждают, что хотя накопление генетического разнообразия означает, что теперь можно обнаружить филогенетические кластеры различных новых последовательностей коронавируса, на основании одних только сравнений геномов трудно определить, зафиксировал ли вирус важные фенотипические мутации в процессе распространения по глобальным популяциям, и любые подобные утверждения требуют тщательного экспериментального подтверждения. С другой стороны, учитывая высокую скорость мутации РНК-вирусов, исследователи полагают, что в вирусном геноме будет появляться все больше мутаций. «Это поможет нам отслеживать распространение новых коронавирусов. Однако по мере распространения вспышки размер нашей выборки последовательностей может оказаться настолько мал по отношению к общему числу случаев, что будет трудно выявить отдельные нити передачи. Поэтому всегда следует проявлять осторожность при попытке экстраполяции точного события передачи. » — говорят авторы. Юнчжэнь Чжан и профессор Холмс еще в начале января опубликовали на сайте Open Virology первую полную последовательность генома нового коронавируса, полученную от неопознанного пациента с пневмонией, поступившего в Ухань в конце декабря. В настоящее время существует около 200 публично опубликованных последовательностей геномов новых коронавирусов, полученных от пациентов из разных регионов мира. Авторы статьи также отмечают, что в условиях быстрого распространения неокоронавирусов по всему миру следует избегать ссылок на число подтвержденных случаев, поскольку легкие или бессимптомные инфекции часто исключаются из подсчета, и истинное число случаев, скорее всего, гораздо больше, чем указано в отчетах. Кроме того, хотя эти неопределенности не могут быть устранены без проведения широкомасштабных серологических исследований, имеющиеся данные позволяют предположить, что уровень летальности при неоколлатеральном заболевании, вероятно, выше, чем при сезонном гриппе, но ниже, чем при атипичной пневмонии и MERS-вирусах. Источник контента: First Financial