Прогноз для острой фазы хронического гранулоцитарного лейкоза крайне неблагоприятный, а выживаемость крайне короткая, обычно не превышает одного года до смерти, поэтому в острой фазе хронического гранулоцитарного лейкоза требуется аллогенная трансплантация гемопоэтических стволовых клеток для потенциального излечения заболевания. Аллогенная ГСКТ часто является дорогостоящей и имеет определенную смертность, связанную с трансплантацией, и может сопровождаться болезнью «трансплантат против хозяина», которая может быть легкой или тяжелой, а в тяжелых случаях — угрожающим жизни желудочно-кишечным кровотечением и почечной недостаточностью.