Гастроскопия может иметь следующие побочные эффекты: во-первых, растяжение живота, при проведении гастроскопии, чтобы четко видеть, есть ли какие-либо повреждения в слизистой желудка и характер повреждений, газ будет введен в полость желудка в достаточной степени, чтобы сплющить слизистую желудка для наблюдения, что может быть значительно облегчено через два часа после исследования. Во-вторых, дискомфорт в горле, гастроскопия будет проходить через горло, и много раз при входе и выходе будет тереть слизистую оболочку горла, у некоторых пациентов будет дискомфорт в горле неясная боль, большинство пациентов будет около двух дней облегчения симптомов. В-третьих, дискомфорт в верхней части живота. При гастроскопии иногда проводится поражение и берется ткань для патологического исследования, при этом может возникнуть небольшое воспаление при травмировании биопсийным пинцетом. Большинство пациентов не испытывают никакого дискомфорта, но небольшое количество пациентов, особенно те, у кого полипы были удалены щипцами, могут испытывать неясные боли в эпигастральной области, но эти симптомы проходят примерно через два дня.