Клиническое лечение гидронефроза должно быть сначала определено с помощью урографии, затем с помощью анализа мочи на белок, УЗИ мочи и исследования функции почек, чтобы определить причину гидронефроза и расположение поражения, а затем тяжесть гидронефроза, наличие инфекции и повреждение функции почек, прежде чем определить дальнейшие варианты лечения. В клинической практике лечение легкого гидронефроза в основном консервативное, главным образом потому, что обструкция еще не вызвала серьезного необратимого повреждения почек. Обычно сначала необходимо устранить причину гидронефроза, после чего гидронефроз может быть дренирован из организма с помощью лекарств для уменьшения отека. Если удается установить явную причину обструкции, может потребоваться ее устранение с помощью медикаментов или хирургического вмешательства, например, при наличии мочевых камней или камней в почках. Особенно если гидронефроз усугубляется и вызывает явные клинические симптомы, такие как олигурия и анурия, а функция почек постоянно снижается, то необходимо как можно скорее провести операцию, чтобы облегчить гидронефроз и предотвратить дальнейшее ухудшение функции почек. Если у пациента имеется тяжелое нарушение функции почек и этиологическое препятствие гидронефроза не устранено, то может быть показана операция нефростомии. Однако этому должно предшествовать дренирование, чтобы избежать дальнейшего повреждения почки и обеспечить контроль над инфекцией. Когда инфекция находится под контролем, может быть проведена операция. В угрожающих жизни случаях может потребоваться нефрэктомия. В целом, в большинстве случаев гидронефроз необходимо лечить симптоматически и устранить причину.