Людей с инфекционным эндокардитом следует лечить хирургическим путем, если на клапане имеются избытки, перфорации клапана, разрывы или гнойные полости, чтобы предотвратить смещение избытков и вызвать эмболию мозга, почек или селезенки, а также для лечения недостаточности, вызванной поражением клапана. Кардиохирургические операции рекомендуется проводить после того, как инфекционный эндокардит будет контролироваться с помощью высоких доз сильных антибиотиков в течение 4-6 недель до операции, чтобы избежать риска хирургической инфекции, а также отека и хрупкости тканей, которые могут привести к летальному исходу. Однако в случаях инфекционного эндокардита, который не поддается медикаментозному контролю, когда возникает тяжелая сердечная дисфункция и требуется экстренная операция, после экстренной операции может быть проведена дальнейшая интенсивная антиинфекционная терапия с целью изгнания инфицированного очага, замены протеза клапана и удаления полости абсцесса для улучшения сердечной функции с помощью сильных антибиотиков. Пациенты и их семьи должны быть проинформированы о том, что риск операции при неконтролируемой инфекции очень высок, и что отказ от операции может представлять непосредственную угрозу для жизни.