Патофизиологические изменения в бивентрикулах при дефектах межжелудочковой перегородки зависят от размера дефекта и сопротивления легочных артерий. Если диаметр дефекта менее 5 мм, то это дефект межжелудочковой перегородки малого размера, и кровоток, шунтируемый слева направо, меньше, что не оказывает существенного влияния на бивентрикулы. Если диаметр дефекта составляет 5-10 мм, то это дефект желудочка среднего размера, кровоток по шунту слева направо увеличивается, легочный кровоток может более чем в 1,5 раза превышать объем крови в кровообращении, но не превышает резервных возможностей легочного сосудистого русла, и легочное сосудистое сопротивление может длительное время не увеличиваться, а затем проявляется гипертрофия левого желудочка, увеличивается кровоток в левом предсердии, левом и правом желудочках. При диаметре дефекта более 10 мм для больших дефектов межжелудочковой перегородки происходит шунтирование кровотока слева направо, так что легочный кровоток превышает резервные возможности легочного сосудистого русла, вскоре возникает обструктивная легочная гипертензия, приводящая к бивентрикулярной гипертрофии и дилатации, когда давление в правом желудочке превышает давление в левом желудочке, появляется гематома.