Низкосортная интраэпителиальная неоплазия прямой кишки обычно лечится с помощью эндоскопической хирургии. Низкосортную интраэпителиальную неоплазию прямой кишки трудно диагностировать на ранней стадии, и она проявляется только на средней или поздней стадии, когда сложность лечения значительно возрастает. Поэтому ранняя диагностика и лечение особенно важны. На ранней стадии заболевания необходимо как можно скорее провести эндоскопическую операцию, которая дает хороший терапевтический эффект и низкий процент рецидивов. На средней и поздней стадиях заболевания также возможно хирургическое лечение, но оно должно дополняться радиотерапией, однако прогноз хуже, чем на ранней стадии, поэтому чем раньше обнаружено заболевание, тем раньше начато лечение, тем лучше эффект. При больших размерах и плохо дифференцированной интраэпителиальной неоплазии необходимо своевременно провести хирургическую резекцию, чтобы предотвратить раковую трансформацию.