Антагонистический протокол — это добавление антагониста в процесс переноса ЭКО для противодействия преждевременному пику лютеинизирующего гормона. Поскольку прием антагонистов может привести к нестабильному состоянию эндометрия, не рекомендуется переносить свежие эмбрионы. Антагонисты могут использоваться для противодействия преждевременному пику лютеинизирующего гормона в организме во время ЭКО, чтобы предотвратить преждевременное созревание фолликулов и овуляцию. Однако, помимо подавления фолликулярной овуляции, антагонисты могут влиять на состояние эндометрия и даже на имплантацию эмбриона, поэтому не рекомендуется переносить свежие эмбрионы, а можно перенести замороженные. После использования программы антагонистов необходимо увеличить дозу прогестерона, чтобы низкий уровень прогестерона не повлиял на успешность ЭКО. После использования программы антагонистов необходимо также следить за изменением уровня эстрогена, а также за ростом и развитием фолликулов в организме женщины.