Клинически моногерпетический энцефалит проявляется довольно часто, а в тяжелых случаях у пациентов могут наблюдаться нарушения сознания, включая кому, децеребрационное состояние коры головного мозга и вегетативное состояние. У пациентов также может развиться деменция, и они могут проявлять себя различными проявлениями, включая психиатрические симптомы и судороги. При простом энцефалите основными проявлениями в легких случаях являются головная боль, тошнота, рвота, повышение температуры, а также нарушения чувствительности конечностей или двигательные дисфункции, включая онемение и боль в конечностях, а также слабость конечностей или паралич одной стороны конечностей и т.д. У пациента могут быть нарушения речи, проявляющиеся в виде дизартрии или афазии, а также гемианопсия квадрантной слепоты, а в некоторых случаях и слепота. При поражении энцефалитом ствола мозга и мозжечка могут возникать головокружения, а также нарушения равновесия, дисфагия, захлебывание водой.