В конце третьей эмбриональной недели конец задней кишки расширяется и соединяется с передней частью мочевого пузыря, образуя клоаку. Каудальный конец клоаки закрыт мембраной из эпителиальных клеток эктодермы, которая становится клоакальной мембраной и отделяет ее от тела. На четвертой неделе формируются и растут каудально мезодермальные складки между клоакой и задней кишкой, в то же время медиальная сторона двух стенок клоаки разрастается, образуя складки, которые растут в полость, они формируют уроректальную перегородку, разделяя клоаку на две передние и задние части, первая из которых является половым синусом птицы, а вторая — прямой кишкой. В то же время клоакальная мембрана также делится на две передние и задние части, первая из которых является мочеполовым синусом, а вторая — анальной мембраной, которая с пятой недели образует анальное углубление и постепенно углубляется ближе к прямой кишке. На седьмой и восьмой неделях две мембраны разрываются одна за другой. После разрыва анальной мембраны она соединяется с прямой кишкой, образуя анус. К 9-й неделе эмбрионального развития аноректум и окружающая его мускулатура полностью сформированы. На четвертом месяце эмбриональной жизни промежность быстро растет в переднем и заднем направлении, что в конечном итоге позволяет анусу вернуться в свое обычное положение. В целом, формирование аноректальной области в основном завершается в первые 3 месяца эмбриональной жизни, и профилактику аноректальных пороков необходимо проводить на ранних сроках беременности.