Прогноз септического энцефалита напрямую зависит от возбудителя и физического состояния больного, а также от того, насколько эффективно проводится антибиотикотерапия на ранних стадиях. При септическом энцефалите, вызванном пневмококком, чаще всего в клинике проводится антибиотикотерапия, и примерно через 10-14 дней симптомы заболевания могут быть значительно уменьшены. Септический энцефалит, вызванный грамотрицательными бациллами, имеет несколько более длительное течение, продолжающееся около 3 недель. Несмотря на значительные успехи в разработке антибиотиков для лечения септического энцефалита, у некоторых пациентов с септическим энцефалитом возникают угрожающие жизни заболевания, а у некоторых пациентов с септическим энцефалитным менингитом — неврологический дефицит.