Наиболее вероятной причиной гидронефроза у детей является врожденная аномалия, которая означает, что почка или мочеточник имеют извилистую структуру, которая препятствует оттоку мочи и собирает ее в почке или мочеточнике. Большинство случаев водянки у детей вызвано именно этим, и врожденную аномалию необходимо удалить, чтобы почки могли свободно отводить мочу. Если обструкция не устраняется в течение длительного времени, почка повреждается, давление гломерулярной фильтрации снижается или даже исчезает, таким образом, теряя свою фильтрационную функцию, что означает, что почка теряет свою функцию детоксикации и дренажа воды.