Ночной кислотный рефлюкс вызывается рефлюкс-эзофагитом, хроническим гастритом, функциональной диспепсией и другими заболеваниями. При рефлюкс-эзофагите после перенесенного заболевания нижний пищеводный сфинктер расслабляется, а ночью во время сна наступает пик секреции желудочной кислоты, желудочная кислота из-за сфинктера относительно расслабляется и возникает феномен рефлюкса желудочной кислоты, что и проявляется в ночной слюне кислой водой. У больных хроническим гастритом слизистая желудка будет более восприимчива к стимуляции желудочной кислотой из-за воспаления, воды, отека и других факторов, слизистая желудка будет стимулироваться избыточной секрецией желудочной кислоты в ночное время, слизистая желудка будет стимулироваться явлением аномального спазма, поэтому будет происходить рвота кислой водой. У некоторых людей с симптомами функциональной диспепсии нарушается функция опорожнения желудка, что приводит не только к вздутию живота, но и к избыточному выделению желудочной кислоты, что также проявляется в ночной рвоте кислой водой.