Существует две основные опасности полового акта во время физиологического периода: первая — ретроградная инфекция; вторая — эндометриоз органов малого таза. Во время физиологических месячных шейка матки находится в открытом состоянии, а менструальная кровь является хорошей питательной средой для бактерий, и в это время половой акт чреват ретроградной инфекцией, приводящей к эндометриту, аднекситу и даже воспалительным заболеваниям органов малого таза, а отдаленные осложнения включают хронические тазовые боли, дистензию и дискомфорт внизу живота, могут даже привести к внематочной беременности, бесплодию и т.д. Во время менструации может происходить рефлюкс менструальной крови, что приводит к развитию эндометриоза малого таза. Тазовый эндометриоз является доброкачественным заболеванием, но имеет злокачественные проявления, которые могут привести к таким серьезным осложнениям, как дисменорея и бесплодие.