Мезенхимальные опухоли желудочно-кишечного тракта с низким фактором риска могут жить более 5 лет после операции. Перед проведением операции необходимо провести предоперационную оценку, чтобы определить, является ли заболевание опасным. Пациентам с очень опасным заболеванием операция не рекомендуется, а срок выживания таких пациентов составляет не более одного года. Некоторые пациенты с менее запущенным заболеванием могут выбрать операцию, и количество лет выживания после операции напрямую зависит от размера удаленной опухоли. У некоторых пациентов опухоль удаляется полностью, и у таких пациентов 5-летняя выживаемость может составлять 50-60%, но у некоторых пациентов остается небольшое количество остатков опухоли, и это влияет на количество лет послеоперационной выживаемости, при этом 5-летняя выживаемость составляет около 35%. Пациентов также следует обследовать на предмет ядерного деления опухоли после хирургического лечения, так как выживаемость ниже, если имеется более 5 ядерных делений.