В сыворотке крови пациентов, инфицированных HBV, методом электронной микроскопии обнаружено 3 типа вирусных частиц: ① интактные частицы: также известные как частицы Дейна (частицы HBV), которые способны к репликации и инфекции. Внешняя оболочка белок HBsAg, ядро содержит HBV-ДНК и HBVDNAp (ДНК-полимераза), HBcAg, HBeAg; ② маленькие сферические частицы, трубчатые частицы: без репликации и инфекционные. Последние два являются экстравирусными (HBsAg) в избытке при репликации HBV и не содержат нуклеиновых кислот. Геном HBV (HBV-ДНК) состоит из ДНК с двухцепочечной неполной кольцевой структурой, содержащей 3200 нуклеотидов. Из-за небольшого ареала хозяев выделение вируса в культуре клеток in vitro не увенчалось успехом. В последние годы, благодаря применению методов молекулярного клонирования и успешной трансфекции культивируемых in vitro клеточных линий, процесс репликации HBV стал более понятным, а HBV-ДНК разделилась на негативную (длинную) и позитивную (короткую) нити. Отрицательная нить имеет четыре открытые рамки считывания (ORF): 1) область гена S, которая состоит из гена S, гена pre-S2 (pre-S2) и гена pre-S1 (pre-S1). Он кодирует HBsAg, pre-S, pre-S1 и рецептор поли-человеческого сывороточного альбумина (PHSA-R) соответственно; (ii) область гена С, которая состоит из генов pre-C и C. кодирующие HBeAg и HBcAg соответственно; (iii) область гена P, который кодирует HBV-DNAp и обладает активностью обратной транскриптазы; и (iv) область гена X, которая кодирует HBxAg и играет роль в активации гена HBcAg.