Осложнения лечения корневого канала включают: во-первых, острую воспалительную реакцию, после пломбирования корневого канала у небольшого числа пациентов будет наблюдаться местный отек, зуд и спонтанная боль. Обычно, если на рентгенограммах нет переполнения или недопломбирования, то необходимо принимать противовоспалительные препараты для наблюдения. Если есть переполнение или недополнение, рекомендуется повторить лечение корневого канала. Во-вторых, существует разделение инструментов, что в основном связано с неправильным обращением с инструментами во время лечения, и разделение инструментов может также вызвать перфорацию корневого канала, перелом корневого канала или даже худший конец — удаление зуба. Обычно это лечится под микроскопом путем удаления сломанных инструментов или формирования обходного канала, а если это невозможно, то путем хирургического лечения и, при необходимости, удаления пораженного зуба; в-третьих, перфорация пульпы; в-четвертых, химическое повреждение мягких тканей; в-пятых, пульпит; в-шестых, перелом корня. Существуют также другие случаи резорбции тканей периодонта, случайное проглатывание инструментов, случайное проглатывание и употребление лекарств.