Анализ культуры клеток и полимеразной цепной реакции (ПЦР) на HSV рекомендуется для тех, у кого имеются такие поражения, как язвы на половых органах или других слизистых оболочках кожи. Чувствительность вирусных культур низкая, особенно при рецидивирующих поражениях генитальным герпесом, и чувствительность теста быстро снижается по мере заживления поражений. Методы амплификации нуклеиновых кислот, включая использование ПЦР для определения ДНК HSV, являются более чувствительными и становятся все более доступными в медицинских учреждениях. Вирусная культура и методы ПЦР-амплификации обладают способностью дифференцировать инфицированные штаммы HSV. Поскольку выделение вируса происходит периодически, отрицательная культура HSV или тест ПЦР (особенно у пациентов без активных поражений) не означает, что пациент свободен от инфекции HSV. Цитологические тесты, которые ищут клеточные изменения, связанные с инфекцией HSV (например, тест Цанка), недостаточно чувствительны или специфичны для диагностики генитального герпеса и поэтому не рекомендуются. Хотя для выявления антигенов HSV в генитальных образцах можно использовать прямой анализ иммунофлюоресценции (ИФ) с использованием моноклональных антител, меченных флюоресцеином, этот метод также недостаточно чувствителен.