Для большинства людей вирус бородавки не является пожизненным носителем. ВПЧ-инфекции подразделяются на типы низкого и высокого риска. Инфекции низкого риска в основном протекают свободно, и в среднем примерно через три месяца — год иммунная система организма, в частности Т-клетки и NK-клетки, удаляет вирус, в результате чего организм становится безвирусным. При инфекции высокого риска, если вирус не интегрировался в клетки хозяина, пожизненной персистентной инфекции не бывает. При ВПЧ-инфекции примерно у 90% пациентов вирус становится отрицательным примерно через год, а последующее исследование 10% пациентов с персистентной инфекцией показало, что после двух лет наблюдения у 90% пациентов вирус ВПЧ по-прежнему может быть очищен иммунной системой организма самостоятельно.