Плоские бородавки можно лечить с помощью лекарств местного действия, таких как мазь ретиноевой кислоты и мазь имиквимода, которые можно наносить 1-2 раза в день, а мазь имиквимода — 3 раза в неделю. Однако важно отметить, что мазь имиквимод при самостоятельном применении может вызвать побочные реакции на нормальную кожную ткань, такие как покраснение, отек, боль, разрывы и выделения, поэтому ее всегда следует применять под наблюдением врача. Можно также применять местную интерфероновую мазь для уничтожения вируса, но одно лишь местное лекарство может оказаться не очень эффективным в лечении бородавок. Лучше всего сочетать его с физиотерапией, такой как лазер, замораживание, электрокаутеризация и т.д. Если очаги поражения большие, их можно также лечить партиями и сеансами.