Клинические проявления дефектов межпредсердной перегородки делятся на три стадии: младенчество, детство и зрелый возраст. Большинство дефектов межпредсердной перегородки в младенчестве протекает бессимптомно, и заболевание выявляется по шуму в сердце при плановом физикальном обследовании; в детском возрасте заболевание может проявляться в виде слабости, одышки после активности, а большие шунты могут приводить к недостаточному объему крови в циркуляции, что сказывается на развитии ребенка, который становится меньше, истощен, вял, потлив и одышка после активности, склонен к бронхиолиту или пневмонии из-за закупорки легких, а когда плачет, страдает от пневмонии или сердечной недостаточности. Давление в правом предсердии может превышать давление в левом предсердии, что сопровождается временным право-левым шунтированием и цианозом; во взрослом возрасте может развиться сердечная недостаточность и стойкий цианоз.