КТ носоглотки и КТ пазух исследуют разные части тела, при этом КТ носоглотки исследует в основном носоглотку, а КТ пазух — состояние околоносовых пазух. При подозрении на рак носоглотки, гипертрофию аденоидов и другие заболевания КТ носоглотки позволяет определить степень инвазии опухоли, а также конкретную степень гипертрофии аденоидов и наличие закупорки задних ноздрей. Если рассматривать гайморит, синусит, лобный синусит, птеригоидный синусит и наличие большого количества гноя в каждой группе пазух, наличие опухолевого роста, то проведение КТ-исследования носоглотки позволяет уточнить, в какой пазухе нет проблемы, для дальнейшей разработки хирургических планов, чтобы обеспечить научную основу для операции и сыграть направляющую роль в ее проведении. КТ носоглотки и КТ пазух в определенной плоскости аксиальная КТ-пленка одинакова, горизонтальные срезы, корональные и сагиттальные КТ-пленки не совсем одинаковы.