Дефекты предсердий и желудочков более тяжелые, если дефект одинаковой величины. Если дефект не тяжелый, оба могут заживать естественным путем. Если дефект менее 3 мм, он в основном может зажить в возрасте до одного года, если менее 5 мм, существует определенная вероятность заживления, если более 1 см, то в основном нет возможности естественного заживления, и может быть проведено только хирургическое вмешательство. Дефекты межпредсердной перегородки обычно не имеют клинических проявлений в детстве, а такие симптомы, как стеснение в груди и плохая выносливость, появляются только после 20 лет. Осложнения дефекта межжелудочковой перегородки включают эндокардит и сердечную недостаточность, которые являются относительно более серьезными, чем осложнения дефекта межпредсердной перегородки.