Прогноз при гемофагоцитарном синдроме плохой, с быстрым прогрессированием и высокой смертностью, но некоторые пациенты могут достичь хорошего исхода при агрессивном лечении, после индукционной терапии + поддерживающей терапии; при агрессивном лечении первичного заболевания некоторые пациенты могут достичь лечебного исхода.